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所有不動産記録証明制度は大企業にこそ有効?吸収合併があった場合の検索条件と履歴事項証明書・閉鎖事項証明書の確認

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所有不動産記録証明制度は大企業にこそ有効?吸収合併があった場合の検索条件と履歴事項証明書・閉鎖事項証明書の確認

所有不動産記録証明制度は大企業にこそ有効?吸収合併があった場合の検索条件と履歴事項証明書・閉鎖事項証明書の確認

 令和8年(2026年)2月2日から、「所有不動産記録証明制度」が始まりました。

 この制度は、相続登記の漏れを防ぐための制度として紹介されることが多くあります。亡くなった方が、どこに不動産を所有していたのか分からない場合に、法務局で被相続人名義の不動産を一覧的に確認できる制度、という説明です。

 しかし、所有不動産記録証明制度の価値は、個人の相続手続きだけに限られません。

 むしろ、多数の不動産を保有する大企業、過去に吸収合併を繰り返してきた企業グループ、旧会社名義の不動産が残っている可能性がある法人にとって、この制度は非常に大きな意味を持ちます。

 特に重要なのが、「吸収合併があった場合の検索条件」です。

 吸収合併では、消滅会社の権利義務を存続会社が承継します。そのため、消滅会社が所有していた不動産も、法律上は存続会社に承継されます。

 しかし、不動産登記簿上の名義が、自動的にすべて存続会社へ書き換わるわけではありません。

 そのため、社内では「当然に当社の不動産」として管理している土地建物であっても、登記簿上は、吸収合併で消滅した旧会社名義のまま残っていることがあります。

 この場合、現在の会社名と現在の本店所在地だけで所有不動産記録証明書を請求しても、旧会社名義の不動産が抽出されない可能性があります。

 つまり、所有不動産記録証明制度を大企業が有効に使うためには、単に制度を利用するだけでは足りません。

 どの会社名で検索するのか。

 どの本店所在地で検索するのか。

 旧商号を入れるべきか。

 消滅会社名義を検索条件に入れるべきか。

 履歴事項証明書だけで足りるのか、閉鎖事項証明書まで確認すべきか。

 この検索条件の設計こそが、実務上の最重要ポイントになります。

 この記事では、「所有不動産記録証明制度は大企業にこそ有効?」シリーズとして、吸収合併があった場合にどのように検索条件を組み立てるべきか、履歴事項証明書・閉鎖事項証明書をどのように確認すべきかを、司法書士の視点から深掘りして解説します。

所有不動産記録証明制度とは

 所有不動産記録証明制度とは、特定の人または法人が、登記簿上、所有権の登記名義人として記録されている不動産を、法務局が検索し、一覧的に証明する制度です。

 不動産登記制度は、基本的に「不動産ごと」に登記記録が作成されています。

 土地であれば一筆ごと、建物であれば一個の建物ごとに登記記録があります。

 そのため、所在、地番、家屋番号が分かっていれば、その不動産の登記事項証明書を取得して、所有者や担保権の有無などを確認することができます。

 一方で、「ある法人が全国にどの不動産を持っているのか」を一括して調べることは、これまで簡単ではありませんでした。

 所有不動産記録証明制度は、この問題を補う制度です。

 法人自身が、自法人名義の不動産を確認するために利用できます。また、吸収合併などにより他法人の権利義務を承継した法人が、承継関係を整理したうえで、旧会社名義の不動産を確認する場面でも活用が考えられます。

法務省「所有不動産記録証明制度について」

大企業ほど検索条件の設計が重要になります

 所有不動産記録証明制度は便利な制度ですが、万能ではありません。

 特に法人の場合、検索条件の設定を誤ると、本来見つけたい不動産が抽出されない可能性があります。

 大企業では、長い事業活動の中で、次のような出来事が何度も起こります。

① 本店移転
② 商号変更
③ 吸収合併
④ 会社分割
⑤ 事業譲渡
⑥ 持株会社化
⑦ グループ会社の再編
⑧ 管轄外本店移転

 このような変遷があると、不動産登記簿上の所有者表示が、現在の会社情報と一致しなくなることがあります。

 社内の固定資産台帳では現在の会社名で管理されている。

 会計上は存続会社の資産として処理されている。

 管財部門では自社物件として扱っている。

 しかし、登記簿上は旧会社名義のまま。

 このようなことは、実務上十分に起こり得ます。

 特に、吸収合併があった会社では、消滅会社が所有していた不動産について、合併による所有権移転登記がされないまま残っていることがあります。

 この場合、現在の存続会社名だけを検索条件にしても、旧会社名義の不動産は見つからない可能性があります。

 だからこそ、大企業が所有不動産記録証明制度を利用する際には、制度利用そのものよりも、検索条件の設計が重要になります。

吸収合併があった場合の基本構造

 吸収合併では、消滅会社の権利義務を存続会社が承継します。

 不動産も、消滅会社が所有していたものであれば、法律上は存続会社に承継されます。

 しかし、登記簿上の名義を現在の状態に合わせるためには、通常、合併による所有権移転登記などの名義整理が必要になります。

 この登記がされていない場合、登記簿上は消滅会社名義のまま残ります。

 たとえば、次のようなケースを考えます。

平成5年 A株式会社が土地を取得

平成12年 A株式会社が本店を大阪市から東京都港区へ移転

平成20年 A株式会社が商号をAB株式会社へ変更

平成28年 AB株式会社がB株式会社に吸収合併されて解散

令和8年 B株式会社が所有不動産記録証明制度を利用して不動産調査を行う

 この場合、B株式会社としては、「AB株式会社を吸収合併しているのだから、その不動産は当社のもの」と考えるかもしれません。

 法律上の承継という意味では、その理解は基本的に正しい方向です。

 しかし、登記簿上の所有者表示は、次のいずれかの状態で残っている可能性があります。

① A株式会社 大阪市〇〇区〇〇町〇番地
② A株式会社 東京都港区〇〇一丁目〇番〇号
③ AB株式会社 東京都港区〇〇一丁目〇番〇号
④ B株式会社 東京都千代田区〇〇一丁目〇番〇号

 もし、所有不動産記録証明書の検索条件を「B株式会社・現在本店所在地」だけにすると、①から③の状態で残っている不動産は抽出されない可能性があります。

 ここに、吸収合併がある会社の不動産調査の難しさがあります。

検索条件は「現在の会社名」だけでは足りません

 法人の所有不動産を調査する際、まず思いつく検索条件は、現在の会社名と現在の本店所在地です。

 たとえば、次のような検索条件です。

B株式会社 東京都千代田区〇〇一丁目1番1号

 もちろん、この検索条件は必要です。

 しかし、吸収合併がある場合には、これだけでは不十分です。

 なぜなら、不動産登記簿上の所有者表示は、不動産を取得した当時の会社名・本店所在地のまま残っていることがあるからです。

 そのため、検索条件は次のように分解して考える必要があります。

① 現在の存続会社名・現在本店所在地
② 現在の存続会社名・旧本店所在地
③ 旧商号・その当時の本店所在地
④ 消滅会社名・最終本店所在地
⑤ 消滅会社名・旧本店所在地
⑥ 消滅会社の旧商号・旧本店所在地

 つまり、「会社名」と「本店所在地」の履歴を組み合わせて検索条件を作る必要があります。

 会社の歴史が長ければ長いほど、この組み合わせは増えます。

 大企業や企業グループでは、1社だけでなく、複数の消滅会社、旧商号、旧本店所在地が関係することもあります。

 検索条件を適切に設計しなければ、制度を利用しても「本当に探したい不動産」が出てこないおそれがあります。

履歴事項証明書で確認すること

 検索条件を作るために、まず確認するのが履歴事項全部証明書です。

 履歴事項全部証明書では、現在効力を有する事項と、一定期間内の変更履歴を確認できます。

 大企業の不動産調査で確認すべき主な項目は、次のとおりです。

① 現在の商号
② 現在の本店所在地
③ 会社法人等番号
④ 商号変更の履歴
⑤ 本店移転の履歴
⑥ 吸収合併の記載
⑦ 吸収合併した消滅会社の商号
⑧ 合併の効力発生日

 履歴事項証明書を確認すると、現在の会社が、いつ、どの会社を吸収合併したのかが分かることがあります。

 しかし、履歴事項証明書だけで十分とは限りません。

 なぜなら、古い商号変更や本店移転、過去に閉鎖された登記記録に記載されている事項は、現在の履歴事項証明書だけでは確認できないことがあるからです。

 特に、吸収合併で消滅した会社については、消滅会社側の閉鎖事項証明書を確認しなければ、旧商号や旧本店所在地を十分に把握できないことがあります。

閉鎖事項証明書で確認すること

 閉鎖事項証明書は、閉鎖された登記記録の内容を確認するための証明書です。

 吸収合併で消滅した会社は、合併により解散し、登記記録が閉鎖されます。

 そのため、消滅会社の履歴を確認するためには、閉鎖事項証明書が重要になります。

 閉鎖事項証明書では、次のような事項を確認します。

① 消滅会社の最終商号
② 消滅会社の旧商号
③ 消滅会社の最終本店所在地
④ 消滅会社の旧本店所在地
⑤ 会社法人等番号
⑥ 合併による解散の記載
⑦ 存続会社の商号
⑧ 管轄外本店移転や組織変更の有無

 閉鎖事項証明書を確認することで、消滅会社がどの名称で、どの本店所在地にあった時代に不動産を取得していた可能性があるのかを整理できます。

 ここで拾った旧商号・旧本店所在地が、所有不動産記録証明制度の検索条件になります。

 反対に、閉鎖事項証明書を確認しないまま、現在の存続会社名だけで検索すると、消滅会社名義の不動産を見落とす可能性があります。

会社法人等番号だけに頼りすぎない

 法人の登記実務では、会社法人等番号が非常に重要です。

 会社法人等番号により、法人の登記事項証明書の添付を省略できる場合や、法人の住所変更・名称変更・合併による承継関係を確認できる場合があります。

 そのため、「会社法人等番号があれば、過去の履歴も全部分かるのではないか」と思われることがあります。

 しかし、実務上は注意が必要です。

 過去の組織変更や管轄外本店移転などにより、会社法人等番号が変更されていることがあります。

 また、古い閉鎖登記記録に重要な本店移転や商号変更が記録されている場合、現在の会社法人等番号だけでは確認できないことがあります。

 そのような場合には、閉鎖事項証明書や閉鎖登記簿謄本を確認し、過去の登記記録とのつながりを追う必要があります。

 所有不動産記録証明制度の検索条件を作る場面でも同じです。

 会社法人等番号は重要ですが、それだけで検索条件が完成するわけではありません。

 名称と本店所在地の履歴を、証明書で丁寧に確認することが必要です。

法務省「不動産登記令等の改正に伴う添付情報の変更に関するQ&A」

検索条件リストを作成する

 大企業が所有不動産記録証明制度を利用する場合、いきなり請求書を書くのではなく、まず検索条件リストを作成することをおすすめします。

 検索条件リストとは、どの名称・どの本店所在地の組み合わせで検索するかを整理した一覧表です。

 たとえば、次のような項目を整理します。

① 検索番号
② 検索対象の会社名
③ 検索対象の本店所在地
④ 区分
⑤ 根拠資料
⑥ 備考

 具体例としては、次のようになります。

番号 名称 本店所在地 区分 根拠資料
1 B株式会社 東京都千代田区〇〇一丁目1番1号 存続会社・現在商号・現在本店 B株式会社の履歴事項全部証明書
2 B株式会社 東京都港区〇〇二丁目2番2号 存続会社・現在商号・旧本店 B株式会社の履歴事項全部証明書
3 AB株式会社 東京都港区〇〇二丁目2番2号 消滅会社・最終商号・最終本店 AB株式会社の閉鎖事項全部証明書
4 A株式会社 大阪市北区〇〇三丁目3番3号 消滅会社・旧商号・旧本店 AB株式会社の閉鎖事項全部証明書

 このように、名称と本店所在地を組み合わせて検索条件を設計します。

 ここで大切なのは、「現在の会社から見て自然な名称」ではなく、「登記簿上に残っている可能性がある名称・住所」を拾うことです。

 不動産登記簿は、過去の時点で登記された所有者表示がそのまま残っていることがあります。

 したがって、検索条件も過去にさかのぼって設計する必要があります。

吸収合併が複数回ある場合

 大企業では、吸収合併が1回だけとは限りません。

 企業グループの再編により、複数の子会社を吸収合併している場合があります。

 また、吸収合併された消滅会社自体が、過去に別の会社を吸収合併していることもあります。

 この場合、検索条件はさらに複雑になります。

 たとえば、次のような流れです。

C株式会社が土地を取得

C株式会社がA株式会社に吸収合併される

A株式会社がAB株式会社に商号変更する

AB株式会社がB株式会社に吸収合併される

 この場合、現在のB株式会社だけでなく、AB株式会社、A株式会社、C株式会社の検索条件を検討する必要があります。

 さらに、それぞれの会社について、旧商号や旧本店所在地があれば、それも検索条件の候補になります。

 つまり、検索条件は、単純な1社対1社の関係ではなく、会社の沿革図のように整理する必要があります。

 ここを丁寧に行わないと、古い会社名義で残っている不動産を見落とす可能性があります。

履歴事項証明書だけでは古い履歴を追いきれないことがあります

 検索条件を作る際に、履歴事項証明書だけを見て安心してしまうことがあります。

 しかし、会社の歴史が長い場合、履歴事項証明書だけでは古い履歴を追いきれないことがあります。

 たとえば、かなり前の管轄外本店移転、古い商号変更、旧会社法人等番号の時代の登記記録、閉鎖された旧本店所在地の記録などは、現在の履歴事項証明書だけでは確認できないことがあります。

 その場合には、閉鎖事項証明書を取得して確認する必要があります。

 特に、大企業の不動産は、数十年前に取得されたものも珍しくありません。

 不動産の取得時期が古いほど、当時の会社名・本店所在地が現在と違っている可能性が高くなります。

 そのため、所有不動産記録証明制度を使う前段階として、商業登記の履歴調査が重要になります。

登記簿上の名義と社内台帳は違うことがあります

 大企業では、固定資産台帳、管財台帳、経理資料、事業部門の管理資料など、さまざまな台帳で不動産を管理しています。

 しかし、それらの社内台帳と、不動産登記簿上の所有者表示が完全に一致しているとは限りません。

 社内台帳では現在のB株式会社の資産として登録されていても、登記簿上はA株式会社のままということがあります。

 また、逆に、登記簿上は旧会社名義の不動産が残っているのに、社内台帳では十分に管理されていないこともあります。

 所有不動産記録証明制度は、登記簿上の情報を起点に不動産を洗い出す制度です。

 したがって、社内台帳と突合することで、不一致を発見するきっかけになります。

 これは、単なる登記手続きではありません。

 固定資産管理、内部統制、M&A、担保管理、企業再編、遊休不動産の把握に関わる重要な作業です。

検索条件を広げすぎる場合の注意点

 検索条件は広げれば広げるほど、多くの可能性を拾えるように思えます。

 しかし、やみくもに検索条件を増やすことはおすすめできません。

 検索条件ごとに手数料がかかります。

 また、検索結果の確認作業も増えます。

 さらに、同じ会社の似た名称や住所を多数設定すると、後でどの検索条件からどの不動産が抽出されたのかを整理しにくくなります。

 大切なのは、根拠のある検索条件を作ることです。

 履歴事項証明書、閉鎖事項証明書、古い登記事項証明書、固定資産台帳、合併契約書、社内の管財資料などを確認し、登記簿上に残っている可能性のある名称・住所を検索条件にします。

 「何となくありそうだから入れる」のではなく、「この証明書にこの名称・所在地が出ているから検索条件に入れる」という形で設計することが重要です。

検索条件の根拠資料を残す

 大企業の不動産調査では、検索条件を作った根拠資料を残すことが重要です。

 なぜなら、後日、社内で説明が必要になるからです。

 なぜこの旧会社名で検索したのか。

 なぜこの旧本店所在地を入れたのか。

 なぜこの消滅会社は検索対象にしたのか。

 なぜ別のグループ会社は検索対象から外したのか。

 この説明ができなければ、調査結果の信頼性が下がります。

 そのため、検索条件リストには、必ず根拠資料欄を設けることをおすすめします。

 たとえば、「B株式会社履歴事項全部証明書」「AB株式会社閉鎖事項全部証明書」「平成28年合併契約書」「固定資産台帳」「旧登記済証」などです。

 これにより、後から見ても、なぜその検索条件を設定したのかが分かります。

検索結果が出た後に行うべき確認

 所有不動産記録証明書を取得したら、それで終わりではありません。

 むしろ、そこからが本番です。

 証明書に記載された不動産について、次の確認を行います。

① 登記事項証明書を取得する

 所有者表示、共有者、担保権、地上権、地役権、仮登記などを確認します。

② 社内台帳と照合する

 固定資産台帳、管財台帳、現場管理資料に記載があるか確認します。

③ 合併による名義整理の要否を確認する

 消滅会社名義のまま残っている場合、合併による所有権移転登記等が必要か検討します。

④ 住所・名称変更登記の要否を確認する

 旧本店所在地や旧商号のまま残っている場合、表示変更登記が必要になる可能性があります。

⑤ 法人識別事項の整備を検討する

 今後のスマート変更登記や住所等変更登記義務化への対応を見据えて、会社法人等番号などの法人識別事項の申出を検討します。

⑥ 現地の場所を確認する

 地番だけでは場所が分かりにくい土地について、公図、地積測量図、地図、航空写真などで位置を確認します。

 所有不動産記録証明書は、あくまで登記簿上の不動産を見つける入口です。

 その後に、登記情報、社内台帳、現地、権利関係を確認する必要があります。

M&A・企業再編での効果

 吸収合併があった企業における所有不動産記録証明制度の活用は、M&Aや企業再編の場面でも非常に有効です。

 買収対象会社が過去に複数の会社を吸収合併している場合、消滅会社名義の不動産が残っている可能性があります。

 固定資産台帳に記載されている不動産だけを確認しても、登記簿上残っている旧会社名義の不動産を見落とすことがあります。

 所有不動産記録証明制度を利用し、旧商号、旧本店所在地、消滅会社名を含めて検索条件を設計することで、登記簿上の所有不動産を洗い出すことができます。

 これは、買主側のデューデリジェンスだけでなく、売主側が事前に不動産を整理する場面でも有効です。

 事前に不動産登記情報を整理しておけば、M&Aの交渉や資料開示の場面で、説明の精度が上がります。

担保設定・売却・再開発での効果

 不動産を売却する場合や、金融機関の担保に入れる場合、登記簿上の所有者表示が現在の会社情報と一致しているかは重要です。

 売主がB株式会社であるにもかかわらず、登記簿上の所有者が吸収合併で消滅したA株式会社のままであれば、売買による所有権移転登記の前提として、合併による名義整理が必要になることがあります。

 融資実行日や売買決済日が決まっている場合、直前に旧会社名義が判明すると、スケジュールに大きく影響する可能性があります。

 大企業の場合、対象不動産が多数筆に及ぶこともあります。

 その中に、旧会社名義、旧本店所在地、未整理の共有持分、私道持分、担保権が混在していると、取引直前の確認では対応しきれないことがあります。

 所有不動産記録証明制度を活用して、平時から不動産登記情報を棚卸ししておくことは、将来の取引リスクを下げることにつながります。

スマート変更登記・法人識別事項との関係

 所有不動産記録証明制度は、スマート変更登記や法人識別事項の整備とも関係します。

 住所・氏名・名称等の変更登記が義務化されたことで、法人においても、本店移転や商号変更があった場合の不動産登記管理が重要になっています。

 多数の不動産を持つ会社では、将来の本店移転や商号変更のたびに、全国の不動産登記を確認する負担が大きくなります。

 そこで、法人識別事項を整備し、スマート変更登記の仕組みを活用できる状態に近づけることが重要になります。

 しかし、その前提として、自社が登記簿上どの不動産の所有者として記録されているかを把握していなければなりません。

 所有不動産記録証明制度は、その入口となる制度です。

法務省「所有権の登記名義人による法人識別事項の申出について」

実務上の進め方

 吸収合併があった大企業が所有不動産記録証明制度を活用する場合、次のような流れで進めると整理しやすくなります。

① 会社の沿革を整理する

 現在の会社、旧商号、吸収合併した会社、さらにその消滅会社が過去に吸収合併した会社まで確認します。

② 履歴事項証明書を取得する

 現在の会社について、商号、本店所在地、会社法人等番号、吸収合併の記載を確認します。

③ 閉鎖事項証明書を取得する

 消滅会社について、旧商号、旧本店所在地、合併による解散、会社法人等番号の変遷を確認します。

④ 検索条件リストを作成する

 名称と本店所在地の組み合わせを検索条件として整理し、それぞれの根拠資料を記録します。

⑤ 所有不動産記録証明書を請求する

 法務局に請求し、登記簿上の所有不動産を一覧的に確認します。代理人に依頼する場合は、委任状等を準備します。

⑥ 登記事項証明書を取得して精査する

 抽出された不動産について、所有者表示、担保権、共有関係、権利制限を確認します。

⑦ 社内台帳と突合する

 固定資産台帳、管財台帳、現場管理資料、会計資料と照合し、不一致を洗い出します。

⑧ 必要な登記を実施する

 合併による所有権移転登記、住所変更登記、名称変更登記、担保権抹消、法人識別事項の申出などを検討します。

司法書士に相談するメリット

 所有不動産記録証明書の請求自体は、法人自身でも行うことができます。

 しかし、吸収合併がある大企業の場合、単に請求書を出せばよいというものではありません。

 重要なのは、検索条件の設計です。

 現在の会社名だけで足りるのか。

 旧本店所在地を入れるべきか。

 消滅会社名を検索条件に入れるべきか。

 消滅会社の旧商号まで追うべきか。

 閉鎖事項証明書をどこまで取得すべきか。

 会社法人等番号で省略できる資料と、省略できない資料は何か。

 証明書に出てきた不動産について、どの登記を先に行うべきか。

 これらを判断するには、不動産登記と商業登記の双方の知識が必要です。

 司法書士は、不動産登記と商業登記の専門家です。

 吸収合併、本店移転、商号変更、会社法人等番号、閉鎖事項証明書、所有不動産記録証明制度を一体として整理することで、企業の不動産管理を実務的に支援することができます。

まとめ

 所有不動産記録証明制度は、相続手続きだけの制度ではありません。

 多数の不動産を保有する大企業、特に吸収合併を経験している企業にとって、非常に有効な制度です。

 ただし、その効果を十分に引き出すためには、検索条件の設計が重要です。

 現在の会社名と現在の本店所在地だけで検索しても、旧会社名義、旧商号、旧本店所在地のまま残っている不動産が抽出されない可能性があります。

 そのため、履歴事項証明書、閉鎖事項証明書、会社法人等番号、吸収合併の履歴、本店移転の履歴、商号変更の履歴を確認し、名称と所在地の組み合わせごとに検索条件を作成する必要があります。

 所有不動産記録証明制度を利用して登記簿上の不動産を洗い出し、社内台帳と突合し、必要な名義整理や法人識別事項の整備につなげる。

 この流れを作ることで、大企業の不動産管理は大きく改善できます。

 司法書士法人JOネットワークでは、法人の所有不動産調査、所有不動産記録証明制度の活用、吸収合併後の不動産名義整理、履歴事項証明書・閉鎖事項証明書の確認、住所・名称変更登記、法人識別事項の申出についてご相談を承っています。

 過去に吸収合併を行った法人、旧会社名義の不動産が残っている可能性がある法人、固定資産台帳と登記簿の不一致を確認したい法人は、お気軽にご相談ください。

関連情報

法務省「所有不動産記録証明制度について」

法務省「所有権の登記名義人による法人識別事項の申出について」

法務省「不動産登記令等の改正に伴う添付情報の変更に関するQ&A」

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